Избранная методология перевода средств должна соответствовать предполагаемому использованию отчетности центров прибыли. При использовании метода средних затрат по привлеченным средствам происходит уравнивание всех внешних источников финансирования, что осложняет оценку их эффективности и, следовательно, контроль за спредом, который и определяет принятие управленческих решений. Другими недостатками являются: игнорирование специфики региональных условий, возможность завышения внутренних цен, ограничение привлечения срочных ресурсов.

К положительным моментам относится стимулирование привлечения дешевых краткосрочных средств. Использование метода средних затрат подходит для анализа фактически полученной прибыли.

Метод единой рыночной или единой общей ставки наиболее подходит для определения спреда чистого процента или чистого дохода отраслевого отдела по процентным доходам. Трансфертные цены в этом случае устанавливаются на основе ставок процентов на межбанковские кредиты или средних значений ставок Либор, или ставок по депозитным сертификатам.

Банки западных стран отказались от этого метода, поскольку эти ставки устанавливаются крупными региональными банками, а мелкие банки, их использующие, не могут влиять на время изменения и величину этих ставок. Однако в российской практике наиболее используемый метод установления трансфертных цен — ставки межбанковского рынка.

Основным недостатком его является частое изменение уровня процентных ставок.